中共福清市委农村工作领导小组办公室是市委负责农村工作的议事协调办事机构，主要职责是：
（一）组织贯彻实施党中央、国务院关于农村工作路线、方针、政策和国家有关法律、法规，并督促检查。
（二）承担市委农村工作领导小组的日常工作，对市农口单位的重大问题进行综合协调，负责了解掌握农村经济运行和农村工作情况，开展“三农”（农业、农村、农民）重大问题的调查研究，并提出意见和建议，供市委决策参考。
（三）会同有关部门研究提出农村工作的方针政策、发展战略和规划；负责检查指导镇（街）和有关部门对农业、农村政策法规的贯彻执行情况。
（四）指导、协调、检查、督促《福建省乡镇工作纲要》的贯彻落实，指导农村经济体制改革，配合有关部门抓好农村基层组织建设、农村税费改革，农民负担监督管理和农村社会稳定工作。
（五）承担市委农村宽裕型小康工作领导小组办公室日常工作；指导协调扶贫开发工作政策、规划的制定并督促落实；负责对口扶贫协作的具体联系、协调工作；指导全市农村小康建设；配合有关部门研究制订全市农村“奔小康、建新村”规划，并具体负责日常工作的组织协调。
（六）研究制定农业农村经济发展中长期规划和年度计划，并督促检查落实；指导全市农业结构调整，参与编制农业发展基金使用计划，提出支农资金、物资的安排、管理意见，组织农村抗灾和灾后恢复生产工作；承担市农业综合开发领导小组办公室日常工作，负责组织实施国家立项农业综合开发项目。
（七）组织协调全市农业、农村对外开放、利用外资工作，开展对外（台）农业经济技术交流与合作，组织、协调农业外经贸活动，编制和建立农业招商项目库；承担市海峡两岸农业合作实验区工作领导小组办公室日常工作，指导海峡两岸农业合作实验区规划的实施。
（八）承担市农业现代化建设领导小组办公室日常工作，合同有关部门研究制订全市农业现代化、产业化政策和规划，对农业现代化和产业化发展中的重大问题开展调查研究，指导农业现代化示范区工作。
（九）承担市农科教结合协调领导小组办公室日常工作；配合有关部门做好农村人才培训工作；参与全市农业系统劳模的评选和农民体协的组织领导工作。
（十）承办市委、市政府交办的其他事项。
根据上述职责，市委农办设4个职能科：
（一）综合科（人武部）
（二）农村经济发展科
（三）农村政策法规科
（四）农业合作交流科。
挂靠单位2个：福清市农业资源区划委员会办公室、福清市东张水库库区开发办公室。农办在机构改革后又新增2个常设机构：扶贫办和新村办。
目前，市委农办除承担全市面上的对“三农”工作协调、指导、议事以及农口党委各项工作和对农口各单位进行综合协调等职能外，另有许多与上级部门相对应的农办自身的工作任务，主要有：
　　（一）农业产业化建设
（二）国家立项农业综合开发项目建设
（三）东张水库库区移民开发工作和三峡库区移民安置工作
（四）农业外经工作
（五）农科教结合工作
（六）旧村改造和新村建设
（七）扶贫济困工作
（八）农村富余劳动力转移工作
（九）农村政策调研及农村固定观察点工作
（十）《农村天地》电视栏目组工作
（十一）农业资源区划工作