参照《中共福州市委农村工作领导小组办公室职能配置和内设机构规定》，保留中共福清市委农村工作领导小组办公室。中共福清市委农村工作领导小组办公室是市委负责农村工作的议事协调办事机构，其职能配置和内设机构初定如下：

1. 主要职责

中共福清市委农村工作领导小组办公室负责全市农业、农村和农口的综合协调工作。市农办隶属市委序列，为正科级机构。其主要职责是：
（一）组织贯彻实施党中央、国务院关于农村工作路线、方针、政策和国家有关法律、法规，并督促检查。
（二）承担市委农村工作领导小组的日常工作，对市农口单位的重大问题进行综合协调，负责了解掌握农村经济运行和农村工作情况，开展“三农”（农业、农村、农民）重大问题的调查研究，并提出意见和建议，供市委决策参考。
（三）会同有关部门研究提出农村工作的方针政策、发展战略和法规；负责检查指导各镇、各有关部门农业、农村政策法规的贯彻执行情况。
（四）指导、协调、检查、督促《福建省乡镇工作纲要》的贯彻落实，指导农村经济体制改革，配合有关部门抓好农村基层组织建设、农村税费改革，农民负担监督管理和农村社会稳定工作。
（五）承担市委农村宽裕型小康工作领导小组办公室日常工作，指导全市农村小康建设；配合有关部门研究制订全市农村“奔小康、建新村”规划。
（六）研究制定农业农村经济发展中长期规划和年度计划，并督促检查落实；指导全市农业结构调整，参与编制农业发展基金使用计划，提出支农资金、物资的安排、管理意见，组织农村抗灾和灾后恢复生产工作；负责组织实施国家立项农业综合开发项目。
（七）组织协调全市农业、农村对外开放、利用外资工作，开展对外（台）农业经济技术交流与合作，组织、协调农业外经贸活动，编制和建立农业招商项目库；指导海峡两岸农业合作实验区规划的实施。
（八）会同有关部门研究制订全市农业现代化、产业化政策和规划，对农业现代化和产业化发展中的重大问题开展调查研究，指导农业现代化示范区工作。
（九）承担市农科教结合协调领导小组办公室日常工作；配合有关部门做好农村人才培训工作；参与全市农业系统劳模的评选和农民体协的组织领导工作。
（十）承办市委、市政府交办的其他事项。

三、内设机构
根据上述职责，市委农办设4个职能科。

1. 综合科（挂人武部牌子）

　　1、协助办领导协调处理日常事务，承担有关文字综合和农村信息工作。2、负责机关文秘、文书档案、保密、信访、督查和安全保卫、接待等行政后勤工作。3、负责办理人大、政协的有关议案和提案。4、承担全市支农资金和各级财政专项资金使用计划的编制、安排和管理，并负责检查、监督。5、会同有关部门抓好农村基层组织建设、农村宣传教育和思想政治工作。6、承担农民体育协会日常工作。7、参与市委、市政府表彰农业和农村工作单位和个人以及推荐评选市农民劳模工作。8、负责农口系统民兵组织建设、培训和国防教育等具体工作。
　　（二）农村经济发展科
1、研究制订及组织实施农业和农村经济发展中长期规划及年度计划，了解掌握分析农村经济运行情况。2、组织实施农业和农村经济结构调整、农业产业化、农业现代化、国家立项农业综合开发等工作。3、配合有关部门做好农村抗灾、救灾和灾后恢复生产工作。4、承担全市小康建设工作，拟定有关政策、规划并组织实施。
（三）农村政策法规科
1、负责农村固定观察点工作，开展“三农”问题调查研究。2、参与研究制定农村政策法规，并会同有关部门监督检查执行情况。3、指导、协调、检查、督促《福建省乡镇工作纲要》的贯彻实施。4、会同有关部门抓好农村税费改革、农民负担监督管理和农村社会稳定工作。
（四）农业合作交流科（市海峡两岸农业合作实验区工作领导小组办公室）
1、负责全市农业和农村对台（对外）合作交流的指导协调以及入世后的有关协调指导工作。2、负责编制、组织实施实验区发展规划，协调管理招商引资、良种技术人才的引进、对台农业交流与合作。3、负责重点农业投资项目的实施。4、负责农业外商投资项目的服务、指导工作。5、承担市农科教结合协调领导小组办公室日常工作。
五、挂靠机构
福清市农业资源区划委员会办公室
负责农业资源调查和区划工作。